Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino.
Budidaya perairan (akuakultur) merupakan bentuk pemeliharaan dan penangkaran berbagai macam hewan atau tumbuhan perairan yang menggunakan air sebagai komponen pokoknya. Kegiatan-kegiatan yang umum termasuk di dalamnya adalah budidaya ikan, budidaya ikan,budidaya tiram, serat budidaya rumput laut (alga). Dengan batasan di atas, sebenarnya cakupan budidaya perairan sangat luas namun penguasaan teknologi membatasi komoditi tertentu yang dapat diterapkan.
Contoh Bioinformatika dalam Bidang budidaya perairan adalah sebagai berikut ;
ANOTASI GENOM
Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Dengan menggunakan program BLAST dapat disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar benar merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.
TRANSKRIPTOMIKA
Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens dna yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.
Mikroaray elektronik tersebut akan memudahkan para peneliti dalam penelitian tentang ekspresi gen,. Program ini dapat pula menyelidiki perubahan dalam traksripsi gen selama diferensiasi gonad, pertumbuhan dan maturasi, dan metamorphosis larva selama perkembangan.
PROTEOMIK
Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.
link ;
http://osubiyanto.blogspot.co.id/2012/01/bioinformatika-dalam-bidang-budidaya.html
